本发明属于生物医学检测技术领域，提供了一种检测人间充质干细胞在实验鼠体内分布的方法：（1）将人间充质干细胞输注实验鼠体内，间隔一定时间对需监测器官或组织取样并提取DNA样品；（2）以确定数量的人间充质干细胞提取DNA并稀释成系列浓度的DNA溶液；（3）以如序列SEQ ID NO:1和2所示的序列为引物，以步骤（1）中的DNA样品和步骤（2）中的系列浓度的DNA溶液为模板进行实时荧光定量PCR；（4）以系列浓度的DNA溶液中细胞数量的Log值对CT值制作标准曲线，计算步骤（1）中DNA样品中细胞数量。本发明以GAPDH基因为检测的目的基因，克服了背景影响，特异性高、检测限低，对人间充质干细胞的定量更加精确。