本发明公开了一种表达EPA合酶基因的裂殖壶菌基因工程菌株及其构建方法，是以Schizochytrium sp.HX‑308为出发菌株，插入Shewanella japonica EPA合酶编码基因；本发明也公开了上述菌株的一种应用，其通过发酵生产EPA。本发明的工程菌株稳定性好，培养周期短、胞内油脂含量高、不受季节限制、EPA合成量显著提高，获得的EPA生产成本低、顾客接受度高。本发明适用于构建表达EPA合酶基因的裂殖壶菌基因工程菌株，该菌株可应用于EPA的生物合成。