一种用于风电水冷装置的功能性测试方法及系统，在风电水冷装置满足密封性条件时，开启水冷装置；在水冷装置闭合循环运行过程中，依次检测主循环泵和电加热器的相间电流平衡性、三通阀的动作性能、压力变送器和温度变送器的测量误差，实现对风电类水冷装置进行密封性检测、主循环泵、电加热器、三通阀、变送器等关键部件自动进行功能检测，以满足出厂测试要求，同时记录自动检测过程中的主要数据，并自动判断检测结果，自动生成风电水冷装置的出厂报告。本发明的方法及系统，能够提高风电类水冷产品检测试验效率，提高检测精度及自动化程度，提高风电水冷装置生产企业的出厂检测效率，保证企业产能，为企业争取更大的竞争优势和经济效益。