本发明公开了一种用于卫星集中式自主导航的自适应滤波方法，涉及卫星导航领域，包括：获取卫星导航系统中的卫星状态初始矩阵和卫星先验信息，并设定自适应因子更新标识的初值；求解得到卫星预测状态矩阵和卫星预测状态方差矩阵；计算轨道确定观测矩阵对应的滤波新息矩阵；识别卫星导航系统的观测异常与状态异常情况，得到观测异常标识序列；进行滤波运算，得到滤波后卫星状态矩阵和滤波后卫星状态方差矩阵。本发明在卫星导航系统的自主导航计算中同时顾及了观测异常与状态异常，扩展了自主轨道确定算法的适用场景，提高了卫星自主轨道确定结果的可用性及可靠性。