本发明公开了一种水下巡检机器人导航方法、装置、系统及存储介质，该水下巡检机器人导航方法应用于水下养殖设备，包括以下步骤：在水下巡检机器人对养殖网衣进行巡检的过程中，通过水下巡检机器人搭载的定位装置持续获取水下巡检机器人的观测航姿信息，并持续获取养殖网衣的运动信息；基于观测航姿信息和运动信息，通过全局路径规划算法得出水下巡检机器人的期望航姿信息；基于观测航姿信息与期望航姿信息的偏差，通过卡尔曼滤波算法框架对水下巡检机器人的航行参数进行校正。本发明公开的水下巡检机器人导航方法可解决目前针对水下巡检机器人的路径跟踪方式难以适应渔业养殖装备的不规则运动情况，从而无法实现高精度导航的技术问题。