本发明公开了基于区块链和SM9算法的跨组织身份认证方法及系统，属于数字签名技术领域，要解决的技术问题为如何实现企业密钥中心之间互认对方KGC签发的用户。每个企业组织通过KGC生成主密钥对，所述主密钥对为用于签名和验签的签名主密钥对，包括主公钥和主私钥；每个企业组织将其主私钥私有保存，将其主公钥上传并注册至联盟链，向联盟链中其它企业组织公开其主公钥；每个企业组织接收到联盟链中其它企业组织的用户发送的签名消息后，对于被所述企业组织信任的其它企业组织，从联盟链中获取所述其它企业组织的主公钥，并对接收的签名消息进行验签。