本发明公开了一种微纳跨尺度表面结构的多模式测量坐标统一方法，属于光学和电子制造精密测量领域。其以基于白光干涉的微纳跨尺度表面结构多模式测量装置为基础，结合激光干涉位移计量形成二者基准坐标统一。采用白光干涉测量模式和硅悬臂纳米探针测量模式分别测量标准器上的表征微米特征的第一台阶单元和表征纳米结构的第二台阶单元的中心坐标；结合微米特征与纳米特征实际的坐标关系获得两种测量模式下的平面校准量和垂直校准量；最后利用平面校准量实现微纳跨尺度水平坐标统一，利用垂直校准量实现微纳跨尺度垂直坐标统一。本发明有能够满足光电子、IC、MEMS、光学全息防伪等领域基于白光干涉的微纳跨尺度表面结构测量精度要求。