一种海水淡化产水中硼的连续检测系统及方法，包括取水系统、一级反渗透系统、缓冲水箱、二级反渗透系统以及产品水池；其中，取水系统与一级反渗透系统的入口相连，一级反渗透系统的出口分为两路，一路经缓冲水箱与二级反渗透系统相连，二级反渗透系统与产品水池相连；一级反渗透系统的出口另一路与产品水池相连。通过对原海水的初始硼含量、进水水温及pH的实时在线检测，实现对一级反渗透产水中硼含量的监控，为操作运行人员启动二级反渗透除盐系统提供依据，减少人工检测淡化水水质的频次，并使得最终产水的硼含量小于1mg/L。