本发明公开了一种图形化编程系统及其编程方法。系统包括项目管理装置、CFC文件编辑装置、功能块管理装置、项目编译装置和图形化编程显示装置；所述项目管理装置用于创建项目文件；所述CFC文件编辑装置用于进行CFC文件的编辑；所述项目编译装置用于对CFC文件进行编译；所述图形化编程显示装置用于显示参数以及在线实时调试。方法包括创建项目文件；对CFC文件进行编辑；编译CFC文件；显示各项参数并进行在线实时调试。本发明能够通过简单的操作完成复杂应用的编程，非常利于开发人员进行快速的组态编程及调试。