一种富集发酵液中萜类化合物的方法及其使用的纤维素基絮凝剂，包括步骤1：对微生物发酵生产法得到的含萜类化合物的发酵液进行离心得到上清液；步骤2：将上清液调节pH值至4.8‑6.0，然后在避光条件下，以转速200‑300r/min搅拌5‑10min；接着向其添加其质量0.1‑1.0%纤维素基絮凝剂，以转速30‑60r/min搅拌10‑30min后按0.25‑1.00%的质量比例加入硅藻土，混合至均匀悬浮，然后离心收取絮凝沉淀；步骤3：用无水乙醇或乙酸丁酯溶液萃取絮凝沉淀中的七烯甲萘醌，得到七烯甲萘醌的乙醇溶液或七烯甲萘醌的乙酸丁酯溶液。本发明对发酵液中的萜类化合物富集率高达80%以上。