本发明公开的一种水电站安全电子围栏防护系统及其工作方法，属于水电站安防技术领域。警示标识设在电子围栏地桩上，入侵探测装置、警报装置、照明装置、语音对讲装置、定位装置和图像采集装置分别与控制模块连接，控制模块与通讯模块连接，电子围栏地桩通过供电装置供电；电子围栏地桩通过通讯模块分别与中控系统和移动终端通讯互联，移动终端与中控系统通信互联；中控系统和移动终端内置有水电站地图。本发明的系统集成度高，能够及时发现进入防区的活动目标，在进行警告的同时向工作人员发送预警，起到良好的防护效果，保证水电站的安全，具有良好的应用前景。