本发明基于冷冻干燥工艺的物理化学原理，对于核酸‑脂质纳米颗粒的冷冻干燥条件，即冷冻干燥程序和冻干保护剂进行了系统研究，优选并设计了适宜于核酸‑脂质纳米颗粒的高效冷冻干燥方法。本发明可将核酸‑脂质纳米颗粒冷冻干燥工艺总时长缩短至8‑18小时，显著降低能源消耗和产品放大生产的时间成本，冻干的核酸‑脂质纳米颗粒，复水迅速（10s以内），核酸总量、包封率及核酸完整性高，除此之外，冻干复水后制剂的细胞转染效率与和未冻干核酸‑脂质纳米颗粒体原液无显著性差异，且体内免疫应答高，甚至超过未冻干核酸‑脂质纳米颗粒体原液。