本发明提供一种保护SCR的后处理系统控制方法及系统，涉及尾气后处理技术领域，包括以下步骤：获取DPF正常再生时DOC上游的HC喷射量和SCR下游的排气温度，建立DOC上游的理论HC喷射量与SCR下游的理论排气温度的对应关系；实时获取DPF实际再生时DOC上游的实际HC喷射量与SCR下游的实际排气温度，基于对应关系计算此工况下的理论排气温度，并与所获取的实际排气温度相比较；基于比较结果，对实际HC喷射量进行修正，以使实际排气温度小于等于理论排气温度；针对目前柴油机尾气后处理系统的DPF主动再生时容易造成SCR催化剂失效的问题，对SCR下游排气温度进行监测，依据比较结果对实际HC喷射量进行修正，避免实际排气温度过高损伤SCR催化剂。