本发明公开了一种基于水光短期互补策略的中长期优化调度方法及系统，方法包括：根据水光互补发电系统的历史运行资料，制定水光短期互补策略，并提取水光短期互补过程中的互补电量信息；进一步构建水光中长期互补调度模型；采用改进的智能算法求解水光中长期互补调度模型，该过程引入边界搜索寻优机制对中长期互补调度边界进行全局优化，获得水光互补发电系统的中长期优化调度方式。本发明能够进一步协调水电的时空特性，提高梯级水库的调蓄互补效能，可以有效避免水光互补过程中的弃电风险，提高了中长期水光互补发电系统电量消纳效益，同时平抑了光伏短期出力过程的随机波动幅度，提升了电能并网质量。