本发明涉及地面煤层气开发的技术领域，尤其涉及一种深部煤层气多层水平井合采钻井压裂协同施工方法。包括利用工程井在第一目标煤层施工端部与排采直井相连的第一水平井，利用所述第一水平井压裂第一目标煤层；封隔第一目标煤层和第二目标煤层之间的排采直井和工程井；利用所述工程井在第二目标煤层施工端部与排采直井相连的第二水平井，利用所述第二水平井压裂目标煤层；解封第一目标煤层和第二目标煤层之间的排采直井和工程井。因此，本发明能够大幅提高施工效率、降低工程成本，能够实现煤层气多层水平井的分段压裂强化增产改造，提高水平井组的整体改造效果和产气效果。