本发明公开了一种考虑不确定性因素下的生物质锅炉‑沼气池耦合系统中沼气池数量配置方法，在选定生物质锅炉容量基础上，考虑各种不确定性，以系统综合最优为目标，确定沼气池的配置数量。主要包括以下步骤：确定生物质锅炉‑沼气池耦合系统结构，构建设备特性模型；分析不确定因素，建立不确定性因素的描述模型，生成针对不确定因素的各种随机场景；设定生物质锅炉‑沼气池耦合系统运行方式，基于两阶段随机规划方法和随机场景，建立不同沼气池个数情况下的碳排放、经济性综合性能指标；以综合性能指标为目标函数，以沼气池的个数为优化变量，以设备出力、设备负荷和冷热电能量守恒为约束条件，构建生物质锅炉‑沼气池耦合系统优化配置模型；输入模型参数至生物质锅炉‑沼气池耦合系统优化配置模型，获得沼气池的最佳配置数量。本发明方法同时兼顾系统能耗、环保和经济性，有利于能源的可持续发展。