本发明公开一种超大型船舶通航安全预测方法及系统，涉及涉及航海安全保障领域，主要包括：获取目标水域通航数据；所述目标水域通航数据包括目标水域地形数据、风级、能见度、冰况以及计划航线；预测目标水域计划航线的潮位值、横流流速和纵流流速；基于所述目标水域地形数据和所述潮位值，预测目标水域计划航线的航深；将所述目标水域通航数据、所述横流流速、所述纵流流速和所述航深分别与对应的危险度指标进行比较，确定超大型船舶在所述目标水域通航时的危险等级；根据所述危险等级，对所述超大型船舶的进港时间段进行预测。本发明能够准确确定船舶进港时间段，保障船舶的通航安全。