本发明公开了一种超长有压隧洞的段中控制后段减压系统，所述有压隧洞入口与上游水库相连，其出口与下游河道相连；所述减压系统包括：控制闸门，所述控制闸门设置于所述有压隧洞中段并将其分隔为前后两段，用于导通或隔断所述有压隧洞的前后段；稳压室，所述稳压室设于控制闸门之后并与所述有压隧洞的后段连通，用于稳定水跃后的水面波动以及在所述有压隧洞的后段呈负压状态时向其补水；以及两个检修闸门，两个所述检修闸门分别设于所述有压隧洞的入口和出口处。本发明专利突破了有压隧洞末端控制的传统思路，采用段中控制方案大大减小了后段隧洞的最大内水压力，减小了工程风险、施工难度和工程投资。