本发明提供了一种基于纳米多孔膜的微电极阵列芯片及高通量细胞内电信号连续监测系统，其中微电极阵列芯片包括纳米多孔膜基底和附着在纳米多孔膜基底上的微电极阵列。还包括集成于所述纳米多孔膜基底底部的微流道器件。系统包括纳米多孔膜微电极阵列传感器，用于检测细胞电信号。本发明利用多孔膜的多孔特性，生成凹凸不平的三维电极结构，通过增大电极与细胞之间的接触面积来加强耦合，从而能够获得更高质量的电信号记录。将纳米多孔膜微电极阵列传感器集成在微流道器件上方，利用微流道多通道的特性，在不同通道的微流道施加药物测试溶液，可以进行高通量药物实验测试，实现高通量筛选药物。