本发明提供一种基于多尺度分析的人工智能病理辅助诊断系统，包括：预前处理模块：用于获取全扫描图像，根据所述全扫描图，确定图像切片，提取所述图像切片的组织掩模，计算所述组织掩模的覆盖比率，并确定预选图像切块；多放大倍率图像块提取模块：用于划分全扫描图像的区域位置，确定训练区域和预测区域，提取所述训练区域的训练数据，通过所述训练数据训练所述预测区域，提取目标图像切块；多放大倍率特征融合模块：用于提取所述目标图像切块的特征值，融合所述目标图像切块，确定特征图；仿真诊断模型模块：用于当融合完所有目标图像切块，根据所述特征图，确定病变区域轮廓，生成仿真诊断模型。