本申请涉及一种基于北斗和地面基准传递的原子钟自动校准方法、系统、计算机设备和存储介质。所述方法包括：通过地面基准站和频率测量设备测量待检测铷原子钟的频率稳定度和初始频率准确度；通过时差测量电路和北斗接收机测量待检测铷原子钟的时差信号；根据频率稳定度和时差信号，构建卡尔曼滤波算法的测量矩阵；构建四个参数的卡尔曼滤波算法的状态方程；四个参数包括：相位、频率、频漂和频率稳定度；将频率稳定度、初始频率准确度和时差信号输入至处理器中进行卡尔曼滤波算法迭代，输出频率控制信息，以对待检测铷原子钟进行校准。采用本方法能够自动校准铷原子钟。