本发明属于地铁车站施工技术领域，特别涉及一种轨道交通既有车站结构缝排水结构及施工方法，包括第一排水沟，其嵌入结构缝上方的混凝土垫层中，所述排水沟底部与结构缝连通，顶部覆盖有与地面平齐的盖板结构，顶部与底部之间设有沿排水方向且用于支撑所述盖板结构的两排支撑单元，各排所述支撑单元之间间隙布置；第二排水沟，其一端与所述第一排水沟连通，另一端接入排水管网；本发明通过第一排水沟可将通过结构缝渗漏的水排出，防止结构缝内积水过多渗漏出车站地面，并通过第二排水沟将渗漏水排至排水管网，彻底排出车站。