本发明公开了一种信息传送稳定可靠的船舶智能航控系统，包括船端系统、通信链路、岸端系统和智能监控装置，船端系统和岸端系统经通信链路实现数据收发共享，为船舶实现智能航行、能耗管理、故障诊断、远程控制功能提供数据基础；通信链路包括布置在船端系统的船端通信终端和布置在岸端系统的岸端通信终端，船端系统和船端通信终端之间以及岸端系统和岸端通信终端之间均设有通信链路切换装置，通信链路切换装置用于评估通信链路质量并可采用手动或自动模式将通信链路切换至最佳通信链路。本发明还公开了上述系统的运行控制方法。