本发明公开的一种跨尺度多功能智能疗修性系统及其制备方法，属于激光应用技术领域。制备方法如下：(1)利用飞秒激光直写在生物医用材料表面加工出多种构型的三维多级微/纳复合结构；(2)采用静电吸附法将黑磷纳米片修饰在三维多级微/纳复合结构上以构建跨尺度异质结构；(3)将化疗药物阿霉素通过真空物理吸附法加载于跨尺度异质结构上；(4)在负载药物的跨尺度异质结构上进一步包裹聚多巴胺涂层，即得到跨尺度多功能智能疗修性系统。本发明的跨尺度多功能智能疗修性系统具有优异的光热转换和药物智能释放特性，不仅能够加速骨再生，并且具有肿瘤协同光热‑化疗和抗菌功能。本发明适用于各种尺寸、形状、种类的生物医用材料。