本发明公开了一种用于精密时钟同步的滤波方法及系统，根据网络时延、频率偏差、频率漂移建立卡尔曼滤波模型；采用改进型的自适应算法分别在时间偏差测量周期和时延测量周期值，基于新息和历史噪声对测量噪声迭代估计，以及迭代估计异常值的回退处理，最终避免了使用经验值估计测量噪声的弊端；再采用残差序列构造一个检验统计量，用假设检验的方式完成对野值的检测，然后通过野值处理方法，来避免野值带来的滤波失效问题。最终，通过测试分析该方案对时延抖动过滤和频率漂移具有良好的补偿效果。