本发明涉及一种檀香提取物、檀香中药配方颗粒及其制备方法。所述制备方法包括前处理、蒸馏提取、煎煮提取、浓缩、包合与干燥、混合步骤制备所述檀香提取物；其中，具体限定了檀香饮片的规格以及用于蒸馏提取的檀香饮片的占比。该方法制备的檀香提取物可用于制备檀香中药配方颗粒，既保证了檀香中药配方颗粒挥发油含量和出膏率与标准汤剂的一致性，又保留了檀香中其他热敏性成分，从而更好地保证了药效，并且药渣中的香气成分得以保留，有效节约了药用资源，并且制备的檀香中药配方颗粒与传统的檀香饮片水煎汤剂能够较好地保持一致，解决了现有檀香配方颗粒不合法规的问题。