本发明公开了基于计算机视觉高通量筛选微生物的方法及存储介质，所述方法包括：获取预处理后的微生物菌落的图像信息；从所述图像信息中提取图像特征；基于所述图像特征建立生物菌落筛选模型；以及根据所述生物菌落筛选模型从待检生物菌落集合中筛选出目标特征符合预设要求的生物菌落。本发明通过比色法在封闭的场景中获取多个孔板上生物菌落的多个子图像，并确定每一个孔板对应的子图像的位置参数。对所述图像信息提取图像特征，根据所述图像特征建立生物菌落的筛选模型，且根据所述生物菌落的筛选模型获取目标特征符合预设要求的生物菌落。从而实现高效率的筛选。