本发明公开了一种永磁电动悬浮系统及其导向方法，包括导体轨道，所述导体轨道架设在路基上；悬浮导向装置，所述悬浮导向装置设置在所述导体轨道上方，所述悬浮导向装置包括第一永磁体阵列和第二永磁体阵列,所述第一永磁体阵列和所述第二永磁体阵列磁化方向的排列相同；所述第一永磁体阵列和第二永磁体阵列相互垂直设置。解决了现有技术中系统导向能力弱，运行不平稳且难度大成本高的问题。本发明优点是：本发明为永磁电动悬浮系统提出了简单可行的导向方案，增加系统阻尼进而提高运行的平稳性和安全性；铺设难度降低，使用寿命提高；在正常行驶过程中，导向永磁体在沿行驶方向前进时与导板轨道相互作用产生的磁阻力很小，不额外增加系统能耗。