本发明公开一种磁轴承可量测基础运动扰动补偿方法和装置，包括：步骤S1、将MIT模型参考控制电压量以作为n时刻磁轴承系统的自适应前馈系控制量；步骤S2、根据n时刻磁轴承系统的自适应前馈系控制量，得到n时刻轴承‑转子系统的扰动位移误差；步骤S3、根据n时刻轴承‑转子系统的扰动位移误差，得到n时刻扰动力误差；步骤S4、根据n时刻扰动力误差，得到n+1时刻前馈控制增益；步骤S5、根据n+1时刻前馈控制增益，得到n+1时刻磁轴承系统的自适应前馈系统控制量；步骤S6、重复步骤S1至S5，直至所述磁轴承‑转子系统的扰动误差为零。采用本发明的技术方案，可以保证磁轴承系统在基础运动工况下稳定运行。