本发明公开了一种高效净水的基于微生物工程灾后应急净水平台，包括紫外线处理机构和生物反应处理机构，所述紫外线处理机构包括隔光罐体、螺旋管和紫外线生成器，所述隔光罐体的内部处设置有螺旋管，且螺旋管的中心包裹有紫外线生成器，所述紫外线处理机构的出水口端连接有生物反应处理机构。该高效净水的基于微生物工程灾后应急净水平台，采取生物、化学、物理多维度进行净水，并优化设计使得装置能适用于多种污染水源的净化，可对医疗污染水源、生活污染水源、化学污染水源等多种水源混合后净水，获得饮用水级别高品质净水，同时模块化设计的净水装置和包囊微生物的设计，使维护和耗材更换等都能既高效又低成本。