本发明公开了一种SERS探针生物传感器及其制备方法和使用方法，涉及生物技术领域。该SERS探针生物传感器包括DNA探针1、DNA探针2和适配体，所述DNA探针1和DNA探针2上至少有5个碱基互补配对，DNA探针1和DNA探针2上的剩余碱基与所述适配体上的碱基互补配对，且DNA探针1、DNA探针2和适配体两两配对形成Y形，所述DNA探针1还共价连接拉曼报告分子修饰的金纳米颗粒，所述DNA探针2共价连接表面修饰链霉亲和素的磁珠。本发明制备得到的SERS探针生物传感器具有高灵敏度、高特异性、样本消耗量少、精确度高的高的优点，能有效实现急性肾损伤的精准诊断。