本发明提供了洋葱伯克霍尔德氏菌JT79在防治南方根结线虫中的应用，该菌株已于2019年9月30日保藏于广东省微生物菌种保藏中心，保藏编号为GDMCC，NO：60798。本发明采用JT79菌株对离体的根结线虫处理后，具有明显的致死性；采用JT79菌液及其10倍稀释液对南方根结线虫处理3h就能达到80％以上的致死率，处理6h后南方根结线虫的死亡率达90％以上，表明JT79菌株对南方根结线虫具有高效的触杀作用；同时，该菌株能有效防止南方根结线虫的对作物的危害。本发明为提高根结线虫的防治效果和杀虫活性提供了方法和思路，筛选出了具有更好防治效果和杀虫活性的优良菌种资源，以供生产选择。