本发明提供了一种船用双燃料发动机控制方法及控制系统。控制方法包括：获取曲轴转速信号和凸轮转速信号，对曲轴转速信号和/或凸轮转速信号进行滤波处理，滤波处理包括步骤A、B、C三个步骤中至少一个；基于曲轴转速信号和凸轮转速信号获得时序信号，基于时序信号进行发动机运行控制。对曲轴转速信号和凸轮转速信号进行实时滤波处理，步骤A能够滤除低电平窄周期干扰信号，步骤B能够对信号缺失进行补齐，步骤C能够滤除高电平脉冲上的窄周期干扰信号，防止由于振动、电磁干扰等产生的异常脉冲信号影响发动机系统的时序控制，采用冗余主控模块、冗余供电单元、冗余CAN通讯等冗余结构，保证发动机运行正常，提高控制系统的抗干扰性和可靠性。