本发明公开了一种用于空间电磁屏蔽的化学分子卫星，化学分子卫星能够完成从二维平面构型到三维正多面体构型的拓扑变换，需要进行电磁屏蔽的目标设备能够容纳在化学分子卫星中，化学分子卫星包括原子卫星和机械臂。原子卫星依次位于正多面体的顶角处；机械臂用于连接相邻的原子卫星，机械臂中设置有能够展开的电磁屏蔽帆，展开后的电磁屏蔽帆能够至少部分地覆盖机械臂所在的正多面体中的一个平面；其中，化学分子卫星能够借助机械臂展开。由此，本发明中的化学分子卫星能够在太空中的在轨服务中根据任务需求，对目标卫星提供电磁屏蔽的空间任务，可以方便且有效地保护目标卫星。