本发明公开了一株深绿木霉菌菌株及其在防治三七根腐病中的应用。本发明的深绿木霉菌菌株，所述的深绿木霉菌菌株为PRWS21，保藏名称为深绿木霉菌Trichoderma atroviride，保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(CGMCC)，保藏单位地址是北京市朝阳区北辰西路1号院3号，保藏日期：2021年4月6日；保藏编号：CGMCC No.21478。本发明的深绿木霉菌从滇重楼根际土壤中分离得到，能够同时对三七根腐病菌(尖孢镰刀菌、腐皮镰刀菌、恶疫霉菌)具有良好的抑制作用。