本发明公开了一种基因工程菌及其在制备二氢大豆苷元中的应用，属于生物工程技术领域。本发明通过全细胞催化实验筛选了并鉴定出一组具有大豆苷元还原酶活性的酶，其中氨基酸序列如SEQ ID NO.2~SEQ ID NO.6所示的酶具有大豆苷元还原酶活性，其中有氨基酸序列如SEQ ID NO.2的酶催化活性显著高于来源于Slackia isoflavoniconvertens的大豆苷元还原酶，转化率高达58%。氨基酸序列如SEQIDNO.13~SEQIDNO.16所示的酶的转化率分别为6%、3%、8%、7%。本发明为大豆苷元还原成二氢大豆苷元提供丰富的可选酶，也为大豆苷元的进一步还原提供更多的可用的酶元件，为促进下游高附加值产品的产量提供了可能性，推动高性能大豆苷元还原酶和二氢大豆苷元的产业化。