本发明提供了一种基于卫星遥感监测的生态监测灾害预警系统，包括海面温度监测模块、浮游生物监测模块和灾害预警模块，所述海面温度监测模块用于生成监测区域的温度分布图，所述浮游生物监测模块用于生成监测区域的浮游生物分布图，所述灾害预警模块根据浮游生物的分布与海面温度分布的关系进行分析得到赤潮的预警信息；本系统将满足要求的浮游生物聚集区域标记为目标区域，并对目标区域进行追踪分析，根据目标区域所处的环境温度的变化以及自身范围的变化判断其发展趋势，根据发展趋势判断是否发出预警，能够帮助工作人员及时进行处理避免赤潮的发生。