本发明公开了一种管道声呐点云去噪方法和系统，属于排水管道检测领域。包括：对管道内原始声呐扫描数据去除离群噪声，得到初筛后声呐点云；对初筛选后声呐点云进行聚类，得到3个全局最优聚类中心坐标和聚类半径；根据位于最顶层的全局最优聚类中心坐标和聚类半径，确定为高密度噪声，从初筛后声呐点云中剔除。本发明首先对管道内原始声呐扫描数据去除离群噪声，得到初筛后声呐点云，以获得更准确的数据进行进一步处理再通过聚类，得到3个全局最优聚类中心坐标和聚类半径，最后根据位于最顶层的全局最优聚类中心坐标和聚类半径，确定为高密度噪声，从初筛后声呐点云中剔除，保证了扫描结果的精确度和可读性，提高声呐点云数据的处理效率。