本发明属于鹿茸种属鉴别领域，具体涉及一种快速鉴别鹿茸种属来源的特征多肽库及其应用。该特征多肽库具体组成为：EFTPELQADYQK、VDEVGGEALGR、FFEHFGDLSTADAVMHNAK、VDEVGAEALGR、MLTSEEK、DFTPVLQADFQK、FFEHFGDLSSADAVmGNPK、LLGNVLVVVMAR、FFEHFGDLSTPDAVmGNPK、VVAGVAnALAHR、FFEHFGDLSTADAVmGNPK。本发明可以同时对7种鹿科动物的鹿茸实现鉴别鉴定，高效且专属性好。本发明得到了能够进行区别鉴定的特征多肽，专属性强，检测方法简单快捷，提高了鹿茸相关产品的质量控制水平，提高了临床用药的安全性和有效性，且检出限低，检测样品用量少。