本发明涉及一种内窥镜对焦控制方法及系统，该对焦控制方法包括：通过摄像光学系统获取待缩放图像；对所述待缩放图像中感兴趣区域进行缩放操作；获取进行缩放操作的缩放倍率S；获取内窥镜系统中变焦透镜的倍率变动距离g(s)；获取所述变焦透镜的移动距离d=K*g(s）；对所述移动距离d进行补偿，并驱动所述变焦透镜移动对焦，之后进入细对焦模式：细调所述变焦透镜，获取距离阈值范围内多个不同位置的多个图像；根据所述多个图像，确定清晰对焦位置；驱动所述变焦透镜移动至所述清晰对焦位置。本发明用于解决在放大/缩小观察时不易对焦或对焦失败的问题。