本发明公开了一种富硒酵母的破壁控制系统及方法，用于控制破壁装置，包括数据处理控制单元、数据输入单元、冻融控制单元、酶解控制单元、超声高压均质控制单元，所述破壁装置包括依次连接的冻融设备、酶解设备以及超声高压均质设备，所述超声高压均质设备包括超声器和高压均质机，所述高压均质机的流场区域位于超声器的超声作用区域内；所述冻融控制单元与冻融设备通信连接，所述酶解控制单元与酶解设备通信连接，所述超声高压均质控制单元分别与超声器和高压均质机通信连接。本发明不仅加快了富硒酵母的处理过程，而且有效的保留了富硒酵母中的营养物质，同时料液损失少。