本发明提供一种高水头大容量水轮发电机组压力脉动控制方法。本发明同时应用特征线法、改进的Suter变换以及多目标遗传算法三种方法以及将调压室位置纳入优化过程，在考虑调压室位置的情况下进行导叶四阶关闭规律的优化，从而减小高水头大容量水泵水轮机甩负荷过程中的最大压力脉动幅值和最大转速，避免压力脉动对水轮机组结构的损害，保证抽水蓄能发电站的安全稳定运行。本发明适用于具有四阶闭合规律的现代化水泵水轮机，以找到导叶的最佳关闭规律以及调压室的最佳位置，最小化抽水蓄能电站甩全负荷期间的最大过压和最大超速。