一种适用于分子晶体从头算分子动力学轨迹的处理方法
摘要:
一种可通过编程实现的适用于分子晶体从头算分子动力学轨迹的处理方法,针对体系内被周期性边界条件约束的原子坐标,通过第一性原理计算方法和原子坐标处理算法,还原受约束的原子坐标,消除轨迹中不合理的分子碎片,使得未发生化学反应的分子结构完整,协助科研人员更高效地分析化学反应路径。该方法具有效率高、可靠性好、指导性强等优点,减轻了对国外昂贵商业软件的依赖,提高了分子动力学研究水平。
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