本发明公开了自调节电子背压阀、燃料电池系统及控制方法，包括背压阀本体，背压阀本体包括背压阀控制器、电机、阀体和阀芯膜片，背压阀控制器包括通讯供电模块、压力采集模块、位置采集模块、驱动模块和运算控制模块；运算控制模块是接收通讯供电模块、压力采集模块和位置采集模块输出的数据，运算控制模块将外部设备发出的压力值指令和采集外部空气流道的压力值信号做对比分析，经过分析运算后，运算控制模块输出转动指令信号到驱动模块，驱动模块驱动电机控制阀芯膜片开度，从而实现背压阀本体开度的调节，它具有简化燃料电池系统的控制策略，响应时间短，自我故障反馈等优点，结构布置合理，兼容性好，对燃料电池系统稳定可靠运行有很大帮助。