本发明公开了一种基于配电网运行拓扑的分布式状态估计方法及系统，方法包括：采集配电网节点电压相位量测数据；基于拓扑变化时刻模型和所述电压相位量测数据计算拓扑变化时刻；根据所述电压相位量测数据和拓扑变化时刻识别配电网拓扑结构；根据所述拓扑结构将配电网划分为多个初步子区域；基于均衡优化模型对所述初步子区域进行优化，得到多个子区域；采集实时量测数据；基于子区域之间的重叠节点进行子区域之间的信息交互，并根据所述实时量测数据对子区域进行状态估计，直至状态估计结果同时达到本地收敛与全局收敛；该方法能够通过子区域之间的重叠节点进行信息交互，配电网状态估计效率高，准确性好。