本发明公开了一种综合能源系统多目标综合评估系统和方法，涉及能源系统评估技术领域；方法包括基于序贯蒙特卡洛模拟法对能源系统进行可靠性评估，获得能源系统的系统平均停供持续时间和系统平均供能可靠率，计算并获得能源系统的能源利用率，基于模糊层次分析法对系统平均停供持续时间、系统平均供能可靠率、能源利用率进行分析，获得目标函数，基于目标函数f获得能源系统的评估值；系统包括能源系统可靠性评估模块、能源利用率模块和评估模块；其通过可靠性评估与能源利用率相结合分析等，实现评估能源工作效率较高、效果较好。