一种基于钻孔数据的三维地质结构模型局部更新系统，包括：钻孔导入单元、钻孔分区图自动构建单元、拓扑检查单元、拓扑处理单元、模型编辑单元和模型构建单元；其中：钻孔导入单元，用于实现数据库中钻孔数据的导入，作为钻孔自动建模的原始数据；钻孔分区图自动构建单元，用于约束地层面的空间形态及分布范围；拓扑检查单元，检查模型是否存在拓扑错误；拓扑处理单元，用于将交叉处面模型的节线捏合起来；还用于自动调整模型高程位置；模型编辑单元，用于对模型细节进行编辑；模型构建单元，用于自动构建地质体模型。本发明减少了模型构建的速度及重复工作，适用于大工区地质模型的局部更新。