本发明公开了一种高压厂用馈线接地死区的零序电流保护方法及系统，结构简单，设计合理，有效规避了馈线开关与零序电流互感器之间发生单相接地故障时零序保护拒动的现象，提高了电力生产的安全稳定性。包括如下步骤：采用具备自产零序电流计算功能的综保装置采样计算母线馈线间隔处的自产零序电流计算值；所述综保装置设定零序电流保护动作值；所述综保装置比较自产零序电流计算值与零序电流保护动作值的大小判断保护是否动作切除线路，若所述自产零序电流计算值大于设定的零序电流保护动作值，则进行馈线保护动作切除该故障线路；若否，则不进行馈线保护动作。