本发明公开一种植入式磁场刺激探针装置的封装方法，属于集成电路封装和医疗器材领域，若干个微螺线管构成微螺线管阵列，并集成在一个微米级芯片中，所述微米级芯片与其头部的尖端针头和其尾部的探针针体通过晶圆级封装工艺共同组成一个微米级探针结构。本发明通过晶圆级再布线工艺制备微螺线管线圈结构，通过PVD制备磁性管芯，通过键合引线将微螺线管与供电线互连，达到微米级磁场刺激探针结构的目标，避免传统电刺激探针的胶质增生问题，以及磁场探针尺寸过大导致的过热和刺激精度低的问题。本发明通过采用C型聚对二甲苯包覆探针的工艺，达到了植入式探针生物兼容的目标，通过采用晶圆级封装工艺，达到了加工一致性和批量生产的目标。