本发明公开的一种氢燃料航空转子发动机性能智能预测方法及系统，具体步骤如下：基于实际气体物性参数以及氢燃料燃烧过程的层流火焰传播速度构建氢燃料航空转子发动机零维性能仿真模型；根据零维性能仿真模型获取发动机指示功率、指示热效率、指示油耗率，得到转子发动机零维性能仿真数据集；构建基于贝叶斯正则化算法的氢燃料转子发动机性能神经网络模型，并采用仿真数据集训练氢燃料转子发动机性能神经网络模型；利用氢燃料转子发动机性能神经网络模型预测得到氢燃料转子发动机的指示功率、指示热效率、指示油耗率；本发明实现发动机性能的快速和精确预测，可以为发动机的控制系统设计以及发动机最优控制策略制定提供坚实的理论支撑。